Cerita final Fantasy 9

Final Fantasy IX dimulai dengan Zidane dan Grup Teater Tantalus menculik Putri Garnet, ketika merayakan ulang tahunnya yang ke-16. Grup tersebut terkejut pada Garnet, sebenarnya ingin kabur menuju Lindblum untuk menemui Cid dan kabur dengan kapal teater Prima Vista. Kapal tersebut mengalami kerusakan parah ketika kabur; dan jatuh ke dalam Evil Forest, membuat Zidane untuk melanjutkan perjalanan ke Lindblum tanpa grup Tantalus. Zidane dan Garnet di temani Vivi dan Steiner, kabur bersama dari Alexandria. Selama perjalanan, Garnet memakai nama samaran "Dagger" Sesampainya di Dali grup tersebut mengetahui pabrik yang memproduksi Prajurit Penyihir hitam untuk kepentingan Alexandria. Tiga yang terkuat disebut Black Waltz
Di Lindblum, Zidane bertemu dengan Freya dan bergabung pada festival perburuan Lindblum. Regent Cid telah diubah menjadi Seperti serangga oleh istirnya Hilda. Regent Cid bercerita bahwa untuk melindungi Garnet dari serangan ratu Brahne, ia telah menyuruh Tantalus untuk menculik dia. Ketika grup mengetahui bahwa Alexandria akan menyerang Burmecia, Freya menginvestigasi situasi bersama Zidane dan Vivi,sedangkan Dagger dan Steiner pergi ke Alexandria untuk menyuruh Brahne menghentikan perang. Garnet tidak berdaya untuk menghentikan Brahne, dan eidolon Dagger di paksa keluar dari tubuhnya oleh Ratu Brahne. Brahne menggunakan Eidolon Dagger untuk menghancurkan Cleyra, setelah menyerang Lindblum, memaksa Cid untuk menyerah. Zidane, Freya, dan Vivi, setelah menyaksikan penyerangan pada Cleyra menyelamatkan Dagger bersama dengan Beatrix kembali ke Lindblum. Setelah itu, Cid memberitahukan Zidane dkk, mengenai pemasok senjata Brahne, Kuja . Zidane dkk, pergi menuju Outer Continent markas dari Kuja, melewati terowong dengan bantuan Quina . Disana Zidane dkk, bertemu dengan summoner muda bernama Eiko, yang mengasumsikan dirinya sebagai orang terakhir yang selamat dari Madain Sari. Mereka juga menemukan vila Penyihir Hitam yang tersembunyi. Pengejaran untuk mengejar Kuja membawa mereka menuju Iifa Tree, penghasil Mist. Zidane dkk, akhirnya mengetahu bahwa Kuja menggunakan mist untuk menciptakan penyihir hitam. Zidane dkk, akhirnya mengalahkan inti Iifa Tree dan menghentikan kabut yang ada. Ketika Zidane dkk, kembali ke Madain Sari, mereka bertemu dan melawan Amarant, yang direkrut oleh Ratu Brahne untuk membawa Dagger pulang. Amarant bergabung dengan grup karena alasannya sendiri. Pada Iifa Tree, Brahne berbalik menyerang Kuja dengan Bahamut. Tetapi dengan kapal Invincible Kuja bisa mengontrol Bahamut dan membunuh Brahne dan membunuh pasukannya.

Zidane dkk kemudian kembali ke Alexandria, dan Garnet diberi mahkota Ratu. Setelah itu Kuja menyerang Alexandria dengan Bahamut. Kemudia Eiko dan Garnet memanggil eidolon legendaris yaitu Alexander, yang bergabung dengan kastil Alexandria. Alexander mengeluarkan sayapnya dan melindungi kastil dari serangan Mega Flare Bahamut. Karena Alexander lebih kuat dari Bahamut, Kuja berusaha untuk mengendalikan Alexander menggunakan kapal Invincible, tetapi digagalkan oleh seorang pria tua bernama Garland yang menghancurkan Alexander dan sebagian kota Alexandria. Tetapi Kuja masih menginginkan untuk menguasai eidolon yang lebih kuat untuk menghabisi Garland, dengan mengganti perhatiannnya pada Eiko. Kemudia Zidane dkk, mengetahui keberadaan Istana Padang Pasir Kuja dan pergi menyerangnya. Tetapi Kuja menahan Zidan dkk, dan kabur membawa Eiko untuk mengambil Eidolonnya. Selama proses ekstrak berlangsung, Moogle penjaga Eiko, Mog. Berubah dengan mode Trance untuk menjadi wujud aslinya yaitu eidolon Madeen, dan menggagalkan proses ekstrak tersebut. Belajar mengenai kekuatan dari Trance, Kuja membuat rencana dengan Trance untuk menghabisi Kuja. Zidane dkk, kemudia menyelamatkan Eiko dan juga menemukan Hilda istri dari Regent Cid, yang membuat Cid kembali menjadi manusia. Cid sekarang bisa mendesain kapal untuk Zidane dkk, yang tidak membutuhkan tenaga Mist untuk bergerak.
Dengan kekuatan Hilda, Zidane dkk mengejar Kuja menuju Terra dengan membuka portal. Di kota Terra, Bran Ball. Rahasia terbuka bahwa Garland adalah yang membuat penduduk Terra dan bertujuan untuk menggabunggkan Terra dengan Gaia, karena Terra adalah planet yang kering. Garland membuat Gnome — pintar, mencari tubuh — untuk tubuh penduduk Terra. Pembuat eksistensi pohon Iifa, pembuat fenomena Mist(Kabut), dan pembuat dari Kuja dan Zidane , adalah bagian dari proses tersebut. Marah dengan motif dari Garland, Zidane dkk melawan Garland. Tetapi Kuja sekarang mengumpulkan jiwa yang cukup untuk menjadi Trance Kuja. Trance Kuja menghabisi Garland, tetapi sebelumnya Garland memperingatkannya dengan batas waktu kehidupannya, dan memberitahukan bahwa Zidane untuk menggantikannya. Marah dengan kata-kata Garland, Kuja menghancurkan Terra sementara Zidane dkk, menyelamatkan Genome dan kembali ke Gaia dengan kapal Invincible. Ketika kembali Zidane dkk menemukan bahwa Mist(kabut) telah kembali dan menyelimuti seluruh Gaia. Dengan gabungan kekuatan Burmecia, Lindblum, dan Alexandria, mereka menuju Pohon Iifa, yang kemudia mereka dipindahkan(diteleportasi) menuju lokasi misterius yang disebut Memoria. Roh dari Garland membimbing Zidane dkk, menuju Kuja. Ketika Kuja kalah, ia menggunakan kemampuan Trance untuk menghancurkan kristal, sumber kehidupan, sehingga memunculkan Necron, "Eternal Darkness"(kegelapan abadi) untuk menghancurkan kehidupan. Setelah Necron kalah, Memoria dan Pohon Iffa hancur. Ketika Grup tersebut ingin melarikan diri dari Pohon Iifa, Zidane tertinggal di Pohon Iifa karena inging menyelamatkan Kuja, dan nanti diasumsikan mati bersama dengan Kuja dalam reruntuhan.

Beberapa waktu kemudian , Alexandria kembali dibangun, dan Tantalus datang ke Alexandria untuk menampilkan teater untuk ratu Garnet. Selama penampilan, Satu dari aktor melepaskan jubahnya dan menunjukkan dirinya adalahj Zidane. Cerita berakhir ketika Zidane dan Garnet berpelukan. Pemandangan yang lain juga menunjukkan bahwa Vivi;entah bagaimana mempunyai anak. Steiner dan Beatrix kembali ke posnya yang lama sebagai penjaga kerajaan; Eiko diadopsi oleh Regent Cid dan Hilda; Freya kembali ke cinta lamanya, Tuan Fratler; dan Quina menjadi koki Istana Alexandria.